Logiciels de facturation

Quel logiciel de facturation choisir pour votre PME ?

Points-clés :

  • Pennylane, notre choix : le plus complet pour une PME qui travaille avec un expert-comptable — facturation électronique conforme, comptabilité et pilotage financier unifiés (détail dans la section Notre choix).
  • Vous avez déjà une équipe commerciale active : préférez Sellsy, qui couple CRM et facturation dans un seul abonnement.
  • Vous cherchez le tout-en-un le moins cher : Axonaut reste l'option la plus accessible pour une TPE (CRM, facturation et gestion de projet dès 14 €/mois).
  • Vous êtes déjà chez un éditeur généraliste (Sage, EBP...) : voir la liste complète des logiciels avant de migrer.
  • Pas sûr de votre profil : répondez aux 4 questions du wizard d'aide à la décision plus bas sur cette page.
Notre choix pour 2026

Pennylane

  • Conforme à la réforme de la facturation électronique : Pennylane est immatriculée plateforme de dématérialisation partenaire (PDP), avec un plan gratuit dédié aux micro-entreprises depuis 2026 (jusqu'à 1 200 factures/an).
  • Unifie facturation, comptabilité et pilotage financier dans un seul outil connecté directement à l'expert-comptable — pas besoin de ressaisir les factures dans un second logiciel.
  • Tarification progressive et lisible : de 0 € (micro-entreprise) à 79 € HT/mois (Premium, multi-utilisateur, module compta complet), sans palier caché.
Découvrir Pennylane →
Vérifié le 8 septembre 2026 · prochaine vérification sous 1 à 3 mois

Comment on a tranché

30%
Conformité facturation électronique 2026
20%
Coût total réel
20%
Intégration comptable / expert-comptable
15%
Facilité de prise en main
15%
Écosystème France

Sortlist met chaque année des porteurs de projet en relation avec des centaines d'agences et de PME françaises — cette expérience terrain sur les outils de gestion utilisés par ces structures pèse dans le critère "écosystème France", croisée avec les données de marché publiques citées sur cette page. On n'a pas testé chaque logiciel en interne : le verdict s'appuie sur la méthode ci-dessus, pas sur un banc d'essai maison.

Dans quel cas préférer une autre option

Logo SellsySellsy

Préférez Sellsy si : votre facturation dépend directement d'un pipeline commercial (devis, relances, opportunités). Sellsy couple CRM et facturation dès 29 €/mois par utilisateur (49 € pour le pack CRM + facturation), avec plus de 48 000 utilisateurs revendiqués par l'éditeur, basé à La Rochelle.

Logo AxonautAxonaut

Préférez Axonaut si : vous êtes une TPE/indépendant qui veut un tout-en-un (CRM, facturation, gestion de projet, support) au tarif le plus bas du marché — à partir de 14 €/mois pour un indépendant. Éditeur français fondé à Toulouse en 2017, revendique plus de 70 000 utilisateurs en France.

Les autres logiciels de facturation du marché

  • Tiime — orienté indépendants et TPE, forte intégration avec les experts-comptables partenaires du réseau Tiime.
  • Indy — pensé pour les indépendants et freelances, formule à partir d'un forfait mensuel fixe incluant déclarations sociales.
  • Henrri — gratuit pour un usage basique (facturation simple), sans module comptable avancé.
  • Facture.net — solution légère orientée TPE, sans engagement, fonctionnalités limitées au-delà de la facturation pure.
  • EBP — éditeur historique français, logiciel installé ou en ligne, plus orienté structures déjà équipées de solutions EBP comptabilité/paie.
  • Sage — éditeur généraliste, pertinent si déjà utilisé pour la comptabilité ou la paie ailleurs dans l'entreprise.
  • QuickBooks — alternative internationale, moins spécifique aux obligations françaises de facturation électronique que les éditeurs locaux.

Comparatif technique

Au-delà du prix : ce que chaque solution permet réellement de faire techniquement.

Critère techniquePennylaneSellsyAxonaut
Immatriculation PDP (facturation électronique)Oui, immatriculéeConforme, via partenaire PDPConforme, via partenaire PDP
Module comptabilité intégréOui, complet (plan Premium)Non — facturation + CRM uniquementNon — export vers expert-comptable
CRM intégréNonOui, natifOui, natif
Gestion de projet / support clientNonPartiel (option)Oui, inclus dans les plans supérieurs
Synchronisation bancaireOui, nativeOui, via module trésorerieOui
API / intégrationsAPI ouverte (plan Essentiel et plus)API disponibleAPI disponible
Découvrir → Découvrir → Découvrir →

Le top 3 face à face — tarifs

CritèrePennylaneSellsyAxonaut
Entrée de gamme0 € (micro-entreprise, jusqu'à 1 200 factures/an)29 €/mois/utilisateur (facturation seule)14 €/mois (indépendant)
Plan intermédiaire14–24 €/mois HT49 €/mois/utilisateur (CRM + facturation)29–70 €/mois selon profil
Plan complet79 €/mois HT (module compta inclus)Jusqu'à 199 €/mois (suite complète)Jusqu'à 298 €/mois HT
Minimum d'utilisateurs facturésAucun2 licences minimumAucun
Facturation électronique incluseTous les plans, y compris gratuitOui, dès le plan facturationOui, dès le plan de base
Essayer → Essayer → Essayer →

Comparaisons directes

Pour répondre tout de suite si vous arrivez avec une question du type "X ou Y".

Logo Pennylane Pennylanevs Logo Sellsy Sellsy

Pennylane vise l'unification facturation + comptabilité, pensée pour être partagée avec un expert-comptable au quotidien. Sellsy vise l'unification facturation + CRM, pensée pour une équipe commerciale qui suit des devis et des opportunités. Si votre priorité est la conformité comptable, Pennylane l'emporte ; si votre priorité est le suivi commercial, Sellsy l'emporte.

Limite de PennylanePas de CRM natif — un pipeline commercial structuré nécessite un outil complémentaire.
Limite de SellsyPas de module comptabilité complet ; nécessite toujours un export vers l'expert-comptable ou un outil tiers.
Logo Pennylane Pennylanevs Logo Axonaut Axonaut

Axonaut coûte moins cher à l'entrée (14 €/mois) et ajoute CRM et gestion de projet dans le même abonnement, ce qui en fait le choix le plus économique pour une TPE qui veut tout centraliser. Pennylane reste plus complet côté comptabilité (rapprochement bancaire avancé, module compta partagé avec l'expert-comptable), mais sans CRM ni gestion de projet intégrés.

Limite de PennylaneAucun module CRM ou gestion de projet — reste centré sur facturation et comptabilité.
Limite d'AxonautModule comptabilité moins abouti que Pennylane ; reste principalement un outil de pilotage commercial et de facturation.

Ce qu'en disent les utilisateurs

Pennylane — 4,6/5 sur G2 (18 avis) et sur Capterra (121 avis) ; 4,4/5 sur Trustpilot (696 avis). Les utilisateurs citent le plus souvent le gain de temps sur le lien avec l'expert-comptable. Peros nous raconte son expérience : "Le service client est mauvais et n'a aucune idée de ce qu'ils répondent. Leur bot est incompétent et fait perdre du temps.
Une simple api n'est même pas par défaut et se facture 24€HT par mois.
Comment est ce possible alors que la présence n'est que sur internet. La concurrence rattrape pennylane, ce n'est pas pour rien"

Sellsy — éditeur revendiquant plus de 48 000 utilisateurs et 18 000 entreprises clientes ; positionné par les comparatifs indépendants comme la solution la plus orientée "commerciale" du trio. Sandrine partage son expérience "Rien à dire sur l'ensemble mise à part la boite mails qui ne me convient absolument pas. Dans la page des mails, les noms ne correspondent ni aux destinataires ni aux expéditeurs. Le fait qu'on ne puisse plus envoyé de mail sans passer par le mur du prospect est un réel problème. Je préférais largement la version précédente."

Axonaut — éditeur revendiquant plus de 70 000 utilisateurs en France depuis sa création en 2017 ; régulièrement cité comme le rapport qualité/prix le plus bas du segment tout-en-un. L'avis de Maitre Babou "C’est vraiment dommage j’adore ce logiciel et je suis en phase test pour mon entreprise . Avec 6 utilisateurs j’ai des blocages qui m’empêchent d’avancer dans la configuration, mais impossible d’avoir kelkun au téléphone, le tchat c’est bof. C’est vraiment dommage car ma période de test expire bientôt mais sans réponse hélas je ne peux pas souscrire"

Sources : G2 (Pennylane), Capterra, Trustpilot, sites éditeurs Sellsy et Axonaut (chiffres d'utilisateurs revendiqués, 2026).

Chiffres clés

4,6/5note Pennylane sur G2 (18 avis) et Capterra (121 avis), 2026
0–79 €fourchette de prix mensuel HT des plans Pennylane, 2026
70 000+utilisateurs revendiqués par Axonaut en France, 2026
1 200factures/an incluses dans le plan gratuit Pennylane pour micro-entreprises

Comment choisir concrètement

Le tableau et le verdict donnent une direction générale. Pour trancher pour votre cas précis, répondez à ces 4 questions basées sur des critères objectifs (activité, besoin CRM, budget, lien avec l'expert-comptable).

1. Votre priorité principale ?

2. Votre budget mensuel pour démarrer ?

3. Avez-vous besoin d'un CRM intégré ?

4. Statut de votre structure ?

Questions fréquentes

La facturation électronique est-elle obligatoire en 2026 ?

Oui, la réforme impose progressivement la facturation électronique aux entreprises françaises. Pennylane est immatriculée plateforme de dématérialisation partenaire (PDP) et propose un plan gratuit conforme pour les micro-entreprises depuis 2026, jusqu'à 1 200 factures par an.

Quel est le logiciel de facturation le moins cher pour démarrer ?

Pennylane propose un plan gratuit pour les micro-entreprises. Pour une structure avec plus de besoins dès le départ, Axonaut démarre à 14 €/mois et reste l'option payante la plus accessible du comparatif.

Pennylane remplace-t-il un expert-comptable ?

Non. Pennylane est conçu pour être utilisé en collaboration avec un expert-comptable, avec un partage de données en temps réel — il ne remplace pas la mission de l'expert-comptable, il la facilite.

Sellsy ou Axonaut pour une petite équipe commerciale ?

Les deux couplent CRM et facturation. Sellsy va plus loin sur les fonctionnalités commerciales avancées (marketing, plus de 48 000 utilisateurs revendiqués), tandis qu'Axonaut reste le tout-en-un le moins cher, avec en plus un module de gestion de projet inclus.

Vincent Vandegans
À propos de l'auteur
Vincent Vandegans
Ancien CTO d'eRowz et de Verbolia, Vincent a aussi piloté la tech e-commerce de Pharmaclic et Love Mama — il a personnellement sélectionné et arbitré des outils de gestion et de facturation en conditions réelles, avec un budget et une deadline à tenir. Il écrit aussi pour la presse tech spécialisée. Sur cette page, il évalue les logiciels comme il le ferait pour son propre projet : en acheteur et en utilisateur technique, pas en observateur extérieur.